1993年6月，商丘地区农经贸公司（公司前身）在三商之源的商丘成立。

1997年8月，公司更名为商丘市大京九种子公司。

2001年5月，“大京九”商标获国家工商总局注册，迈出了公司品牌经营的第一步。

2001年3月，公司注册资本500万元，获得省农业厅颁发的种子经营许可证。

2005年1月，首届中原农民信得过农资品牌委员会授予河南省大京九种业有限公司为“中原农民信得过十大农资品牌”。

2005年6月，河南省大京九种业有限公司被河南省农业厅、河南农业编辑部授予：“诚信经营种业单位”。

2006年3月，河南省大京九种业有限公司被河南省商丘市农业局授予“种子经营诚信企业”称号。

2006年5月，河南省大京九种业有限公司被中国企业信用评价中心、中国市场监测中心评为“中国商业行业全国守信单位”。

2006年6月，河南省大京九种业有限公司被河南省种子协会评为“河南省诚信种子企业”。

2006年6月，河南省大京九种业有限公司董事长被评为“中国诚信优秀企业家”。

2006年9月，“大京九牌农单5号”经中国（合肥）夏季种子交易会农作物优良品种评选专家委员会荣获“2006年农作物优良品种称号”。

2007年1月，河南省大京九种业有限公司被河南省农业名牌发展委员会、河南省商丘市种子业商会、河南省农业结构调整社会一体化推进办公室评为“新农村建设种业先进单位”。

2007年7月，河南省大京九种业有限公司被河南省科学技术厅认定为“河南省高新技术企业”。

2007年9月，河南省大京九种业有限公司自主研发的玉米杂交新品种“大京九23”通过内蒙认定。

2008年7月，河南省大京九种业有限公司自主研发的玉米杂交新品种“豫青贮23”通过国家审定。

2008年12月，河南省大京九种业有限公司被商标河南省工商局评为“河南省著名商标”。

2009年 6月，河南省大京九种业有限公司成为河南省种业商会常务理事单位。

2009后9月，公司办公地址由商丘市南京路种子市场东区甲1号迁到商丘市北海东路68号，办公条件大为改观。

2009年11月，河南省大京九种业有限公司再次被评为“河南省高新技术企业”。

2010年8月，公司企业技术中心被认定为“省级企业技术中心”。

2010年12月，河南省大京九种业有限公司再次获评“农业产业化市级重点龙头企业”。

2011年5月，河南省大京九种业公司成为河南省种业商会副会长单位。

2011年6月，河南省大京九种业有限公司成为中国种子协会会员。

2011年7月25日，河南省大京九种业有限公司育繁推一体化种子经营许可证获农业部批准。

2011年，公司与北京农学院签订战略合作协议，确定科企合作伙伴关系，并获得北农青贮208种子经营权；

2011年，公司科研中心被河南省科技厅认定为“河南省工程技术研究中心”。

2011年10月21日，河南省大京九种业有限公司被选为中国种子协会理事单位。

2011年10月公司获河南省农业厅良种推广先进企业荣誉称号。

2011年12月，公司再次被评为“河南省著名商标”。

2012年2月，公司被河南省政府评为河南省粮食生产优秀种子企业。

2012年5月，公司自育品种大京九6号通过审定。

2012年，公司被河南省人民政府评为“粮食生产优秀种子企业”，被河南省科学院等五部门认定为“十佳科技型最具信赖品牌企业”。

2012年10月24日，公司被中国种子协会评为企业信用评价AAA级信用企业。

2013年，公司被河南省种子协会再次认定为河南省诚信种子企业；公司自育品种豫青贮23获商丘市科学技术进步一等奖。

2014年，北京公司更名为北京大京九农业开发有限公司，进入国家绿色通道体系，建立绿色通道联盟。

2015年1月，北京大京九农业开发有限公司获得农业部颁发的1亿元育繁推一体化农作物种子经营许可证。

2015年，中国种子贸易协会副理事长兼秘书长、原中种集团总农艺师刘杭加盟大京九，任大京九首席专家。

2015年6月，“大京九及图”商标被国家工商总局认定为中国驰名商标。

2015年12月，中国种子协会青贮玉米分会成立，北京大京九农业开发有限公司当选为会长单位，丁光省董事长当选为分会会长。

2016年2年，公司自育青贮品种大京九26通过内蒙审定。

2016年5月，公司自育品种大京九6号被商丘市人民政府评为科学技术进步一等奖。